O projeto da Casa de Pedra foi feito por Guilherme Siegfried Marx, e sua construção se deu entre 1957 e 1958. Os blocos que compõem as paredes externas da casa foram selecionados pelo autor do projeto entre as pedras que eram trazidas para a construção dos canteiros dos primeiros ripados. Atualmente, a casa faz parte dos espaços utilizados pelos setores técnico e administrativo do Sítio. Prevê-se para o futuro sua destinação para residências temporárias e laboratório para pesquisadores em botânica, paisagismo e artes.