Neste complexo botânico e arquitetônico orquestrado por Burle Marx, os visitantes têm a oportunidade de percorrer os vários lagos espalhados pelo Sítio, criados por ele à medida que as necessidades de acomodação da coleção de plantas e de composição dos espaços foram se apresentando. São no total sete lagos: três situados junto do portão de acesso principal da propriedade, um em frente à Casa de Roberto (o primeiro a ser construído), os dois espelhos d’água da Cozinha de Pedra (um sobre a cobertura e outro sob a pérgola de flor de jade) e o outro entre a Cozinha de Pedra e o Ateliê. Foram criados com a finalidade principal de receber as espécies aquáticas da coleção e, assim como os demais elementos dos jardins, pensados como parte integrante da paisagem, reunindo grupos de plantas diferentes em composições de impacto visual e harmonia estética. Atuam também como superfícies poéticas refletoras da luz, do céu e da vegetação.